颁发机构上的区别
签证
由日本大使馆或领事馆颁发，根据申请人的户口所在地，去相应的单位申领。
在留资格认定证明书
由日本入管局颁发，与大使馆或领事馆不是同一机构。
↑签证
功能上的区别
签证
签证是日本大使馆或领事馆颁发的，用于确认申请人的护照有效并允许其入境日本的证件。它是进入日本的“门票”，贴在申请人的护照上，作为入境时的必要凭证。
在留资格认定证明书
在留是日本入管局颁发的，用于允许外国人在日本滞留一段时间的许可。它更像是外国人在日本的“身份证”，用于证明外国人在日本的居留资格和身份。在留可以细分为“ink="true" data-paste-text="true" href="https://zhida.zhihu.com/search?content_id=250431639&content_type=Article&match_order=4&q=%E5%9C%A8%E7%95%99%E8%B5%84%E6%A0%BC%E8%AE%A4%E5%AE%9A%E8%AF%81%E6%98%8E%E4%B9%A6&zhida_source=entity" target="_blank" style="text-decoration-line: none; color: rgb(9, 64, 142); cursor: pointer;">在留资格认定证明书”和“在留卡”。在留资格认定证明书是一张文件，一般由学校或相关机构替申请人申请，并寄到国内。申请人需持此证明书去大使馆办理签证。在留卡则是一张卡片，外国人在抵达日本后领取，用于在日本期间的居留和活动证明。
↑在留资格认定证明书
使用场景上的区别
签证
主要用于入境日本时的海关检查，以确认申请人有合法入境的资格。
在留资格认定证明书
在留资格认定证明书是办理签证的前提，只有获得在留资格认定证明书，才能去大使馆或领事馆办理签证。而在留卡在日本期间需要随身携带，用于证明外国人的居留资格和身份。在办理银行开户、手机申办、租房等业务时，通常都需要出示在留卡。
↑在留卡
想去日本留学的同学们应该先办理护照。在通过日本高中入学考试之后，学校会将学生资料提交到日本入国管理局，日本入国管理局下发“在留资格认证证明书”；校方将“在留资格认证证明书”邮寄给学生；学生持“在留资格认证证明书”找中国旅行社办理“签证”；日本海关通过贴在护照上的“签证”确认学生身份放行；入国后学生们需要办理“在留卡”作为身份认定，日常随身携带。
