学校历史可以追溯至1878年（明治11年）。来自法国的3位修女构筑了女子教育与社会福利的基础。白百合女子大学是本校迈出的第一步，我校历史由此开始。

校训

顺从：享受真正自由的生存

勤勉：锻炼能力、成为有用之才

爱德：互相珍惜、爱护

学校设施

为了学生能够度过一段充实的校园生活，我们在宽阔的校园里配备了最新的设备。带有消音墙的图书馆。配有最新AV机器的视听教室。以及可以联通互联网的电脑室等等。

教育方针

心灵教育：宗教教育、志愿者教育、特别活动

国际教育：日本老师与外国老师组成的TT授课、用英语演讲、英语帮手、海外研修

知性教育：早课、小测试、SP笔记本、网络学习E-LEARNING
校章含义
校章に掲げる「白百合」の花は
理想の女性である聖母マリアを表しています。
また聖女ジャンヌダルクが
祖国を救う旗印になった、
「勇気と希望のシンボル」でもあります。
本学園は、中学校・高等学校の普通教育を施し、キリスト教の精神に基づいて、正しい世界観と道徳的信念を養い、神のみ前に誠実に生き、人としての品性を重んじ、愛の心をもって人類社会に奉仕できる人間を育成しています。
校长致辞
１８７８年（明治１１年）、シャルトル聖パウロ修道女会の３人のマ・スール（修道女）が、函館の地を踏み、そこで医療、福祉、教育などの活動を精力的に始めました。それが、日本における「白百合」の始まりです。その後、修道会の活動は日本の各地に拡大し、現在では、盛岡、仙台、東京、湘南、函嶺、八代に、高等学校・中学校を中心に、幼稚園、小学校などを置き、さらに白百合女子大学（東京）、仙台白百合女子大学を擁する大きな学園に発展しました。その発祥の地、函館でみなさんが学ぶことは、今やグローバルな普遍的価値となったキリスト教の最も大切な精神、「隣人愛」の心です。中学、高校で学ぶのは、決して自分のためだけではありません。それと同等に、あるいはそれ以上に「他者のために学ぶ」のだという自覚を強く持ってほしいのです。みなさんが、高度な知識や技術を将来身につけたとしても、それが誰の役にも立たないとしたら、どうでしょうか。はたして学びがいがあるでしょうか。誰かのために、とりわけ小さなもの、弱いもののために本校で大いに学んでください。
白百合学園 姉妹校について
全国７ヶ所に広がる姉妹校はすべて「白百合」の花を校章にかかげ、同じ白百合精神のもとで教育が行われています。
※26年度より仙台白百合学園に女子だけの通信制（エンカレッジコース）も開校しました。
勉強。部活動。自分探しにじっくり時間をかける。
総合進学コースは、４年制大学、短大、専門学校などの進学から就職まで幅広い進路に対応しています。ゆっくり、しっかり学べるようにカリキュラムが組まれているので、部活動やボランティアなどの課外活動と学習の両立がよりしやすいコースです。
課外活動やキャリア学習などの体験的学びは、自分の可能性を広げ、自分に合った進路をしっかりと見つめるきっかけをくれるでしょう。進学・就職、希望はどちらであっても、「働くことの意義」「自立した女性として生きるために必要なことは何か」を真剣に考え、取り組む姿勢が養われます。
校服
夏は白地に濃紺のセーラー、冬は濃紺のセーラーに純白の百合の刺繍。清楚なイメージを一層引き立てます。
また、自慢の制服を守ってくれる「タブリエ」と呼ばれる作業着もあります。美術の時間や掃除時によく利用されるほか、冬の冷え込む日には暖かい重ね着としても活用できます。白百合学園の制服は全国制服コンクールで1位にもなったこともあり、全国の姉妹校で共通のデザインとなっています。

1878年 （明治11年）	5月28日フランス・シャルトル聖パウロ修道女会の三修道女来函。 元町に授産所・施病院・孤児院を開設し、教育事業をおこす。
1886年 （明治19年）	1月1日聖保禄女学校開校。
1942年 （昭和17年）	10月元町高等女学校と改称。
1951年 （昭和26年）	函館白百合学園高等学校と改称。函館白百合中学校と改称。
1978年 （昭和53年）	9月創立100周年記念式典。
1980年 （昭和55年）	4月山の手新校舎へ移転。
1986年 （昭和61年）	4月LBコース（特別進学コース）設置。
1988年 （昭和63年）	2月聖堂・図書室・食堂など増改築落成。
1991年 （平成3年）	4月SEコース（文系進学コース）設置。
1994年 （平成6年）	暁の星ハウス落成。
1995年 （平成7年）	ルルド落成。
1997年 （平成9年）	4月函館白百合学園中学校再開。
1998年 （平成10年）	普通コースをVSコース（総合コース）と改称。
2003年 （平成15年）	創立125周年記念式典
2005年 （平成17年）	VSコースを改変し、総合進学コースと看護医療系進学コースに。
2012年 （平成24年）	3月SEコース（文系進学コース）廃止
2014年 （平成26年）	マリア寮閉寮